A coleção de Briófitas é composta por cerca de 9 mil amostras e inclui táxons oriundos dos diferentes ecossistemas brasileiros como florestas amazônica e atlântica, cerrado, pantanal e restinga, representando assim a riqueza da brioflora nacional. Nesta coleção também existem amostras oriundas da Europa que foram adquiridas quando da fundação do Herbário (JBRJ, 2008).