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| colecoes:dna [2014/10/09 12:15] – lanna | colecoes:dna [2015/08/20 13:49] (atual) – [Acesso aos dados do Banco de DNA] lanna |
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| ** Desculpe, esta parte está em construção. ** | ====== Banco de DNA de Espécies da Flora Brasileira ====== |
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| ====== Banco de DNA do Herbário Dimitri Sucre Benjamin ====== | O Banco de DNA de Espécies da Flora Brasileira do Jardim Botânico do Rio de Janeiro busca conservar informação genética representativa da alta diversidade da flora brasileira, sendo um registro histórico da variação vegetal e uma base para a conservação e para a biotecnologia. |
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| Também compõem o acervo do herbário RB um Banco de DNA, que conta atualmente com 5.612 amostras de espécies da flora brasileira, das quais apenas 2.616 estão disponíveis para consulta pública. Bancos de DNA são depósitos de diversidade genética, que pode ser explorada através das ferramentas da biologia molecular, para produzir pesquisas taxonômicas, de estrutura genética de populações, de filogenia molecular e filogeografia, servindo ainda para orientar as atividades de coleta de germoplasma para conservação ex situ ou estabelecer áreas prioritárias para conservação in situ. Esses dados, somados à informações ecológicas, geram conhecimentos que subsidiam a proposição de medidas conservacionistas de espécies e ecossistemas ameaçados. Bancos de DNA representam também uma nova abordagem para a preservação da memória genética das espécies, que pode ser explorada hoje, ou futuramente, para a bioprospecção de genes envolvidos na produção de características e/ou processos de importância biotecnológica. (Texto: Rafaela Forzza) | O principal critério para inclusão de amostras nessa coleção é que sejam provenientes da flora nativa brasileira e que se encaixem em uma ou mais das categorias listadas abaixo: |
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| ===== Dados Relacionados (em construção) ===== | * espécies relevantes dos diversos biomas; |
| | * espécies raras e/ou ameaçadas; |
| | * espécimes de herbário; |
| | * coleções do arboreto; |
| | * grupos taxonômicos de interesse científico. |
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| O Sistema JABOT foi idealizado para lidar com um conjunto de dados maior do que apresentado aqui. Entretanto, esta lista de atributos corresponde à uma tabela que consolida dados de várias tabelas do esquema nativo do JABOT, que visa atender a demanda por [[:start#publicacao_de_dados_para_consumo_externo|publicação dos dados no padrão Darwin Core para consumo, via DIGIR/TAPIR/IPT]]. | ====== Responsável pela coleção ====== |
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| ^ Atributo ^ Descrição ^ Domínio ^ Nome do Termo ^ Oferecido IPT ^ | Curadora: Dra. Luciana Ozório Franco ([[http://lattes.cnpq.br/9871990513709794|CV lattes]]) |
| |catalognumber |Barcode | | [[classe:occurrence#Identificador da Ocorrência]] | X | | |
| |family |Family | | [[classe:taxon#Família]] | X | | |
| |genus |Genus | | [[classe:taxon#Gênero]] | X | | ====== Acesso aos dados do Banco de DNA ====== |
| |species | | | [[classe:taxon#Espécie]] | X | | |
| |scientificnameauthor | | | [[classe:taxon#Autor da Espécie]] | X | | Os dados do Banco de DNA podem ser acessados de duas formas: |
| |subspecies | | | [[classe:taxon#Infraespécie]] | X | | |
| |typestatus | | {Cotipo, Epitipo, Fototipo, Fragmento de Tipo, Holotipo, Isolectotipo, Isoneotipo, Isoparatipo, Isosintipo, Isotipo, Lectoparatipo, Lectotipo, Neotipo, Paratipo, Possível Isotipo, Possível Tipo, Sintipo, Tipo, Topotipo} | [[classe:identification#Status do Tipo]] | | | * Utilizando o [[http://aplicacoes.jbrj.gov.br/jabot/v2/consulta.php|Sistema JABOT2]] - que permite consultas avançadas e espaciais; |
| |scientificname | | | [[classe:taxon#Nome Científico]] | X | | * Utilizando o [[wiki:acesso_aos_dados#integrated_publishing_toolkit_ipt|IPT]], que permite o [[http://ipt.jbrj.gov.br/jbrj/resource?r=jbrj_dna|download dos registros informatizados no padrão Darwin Core Archive]]. |
| |country | | | [[classe:location#País]] | X | | |
| |stateprovince | | | [[classe:location#Estado]] | X | | ====== Licença de uso dos dados da coleção ====== |
| |county | | | [[classe:location#Cidade]] | X | | |
| |locality | | | [[classe:location#Localidade Original]] | X | | Os dados referentes à coleção estão disponíveis sobre a licença [[http://www.opendatacommons.org/licenses/by/1.0/|Open Data Commons Attribution License (ODC - By)]]. Seu uso é livre desde que citada sua fonte e atribuídos os créditos ao Instituto de Pesquisas do Jardim Botânico do Rio de Janeiro. |
| |latitude | | | [[classe:location#Latitude Original]] | X ((Não oferecido para espécies ameaçadas e no anexo I do CITES ([[http://nccg.jbrj.gov.br/datawiki/lib/exe/fetch.php?media=filtro_lat_long_politica_08_2011.xlsx|ver lista]]) )) | | |
| |longitude | | | [[classe:location#Longitude Original]] | X ((Não oferecido para espécies ameaçadas e no anexo I do CITES ([[http://nccg.jbrj.gov.br/datawiki/lib/exe/fetch.php?media=filtro_lat_long_politica_08_2011.xlsx|ver lista]]) )) | | ===== Dados Relacionados ===== |
| |collector | | | [[classe:occurrence#Coletor]] | X | | |
| |collectornumber | | | [[classe:occurrence#No. do Coletor]] | X | | O Sistema JABOT foi idealizado para lidar com um conjunto de dados maior do que apresentado aqui. Entretanto, esta lista de atributos corresponde à uma tabela que consolida dados de várias tabelas do esquema nativo do JABOT, que visa atender a demanda por [[:wiki:acesso_aos_dados#ferramentas_de_publicacao_de_dados_e_metadados|publicação dos dados no padrão Darwin Core para consumo, via DIGIR/TAPIR/IPT]]. |
| |daycollected | | | [[classe:event#Dia da Coleta]] | X | | |
| |monthcollected | | | [[classe:event#Mês da Coleta]] | X | | |
| |yearcollected | | | [[classe:event#Ano da Coleta]] | X | | | | ^ Atributo (Darwin Core) ^ Nome do termo (acesso ao dicionário) ^ Publicado no IPT ^ |
| |identifiedby | | | [[classe:identification#Autor da Determinação]] | X | | ^ Ocorrência Darwin Core ^ Registro de origem |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dcterms:type|type]] |[[:classes&#Natureza da Amostra]] | sim | |
| |dayidentified | | | [[classe:identification#Dia da Determinação]] | | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#basisOfRecord|basisOfRecord]] |[[:classes&#Base do registro]] | sim | |
| |monthidentified | | | [[classe:identification#Mês da Determinação]] | | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dcterms:accessRights|rights]] |[[:classes&#Creative Commons]] | sim | |
| |yearidentified | | | [[classe:identification#Ano da Determinação]] | | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dcterms:rightsHolder|rightsHolder]] |[[:classes&#Código da instituição detentora dos direitos autorais]] |sim | |
| |notes | | | [[classe:event#Notas de Campo]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dcterms:bibliographicCitation|bibliographicCitation]] |[[:classes&#Citação bibliográfica]] | não | |
| |datelastmodified | | | [[classe:record#Modificado]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dcterms:modified|modified]] |[[[[:classes&#Data da última modificação]] | sim | |
| |collectioncode | | | [[classe:record#Código da Coleção]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#institutionCode|institutionCode]] |[[[[:classes&#Código da instituição de origem]] | sim | |
| |skey | | | [[classe:occurrence#No. de Catálogo]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#collectionCode|collectionCode]] |[[[[:classes&#Acrônimo do herbário de origem]] | sim | |
| |institutioncode | | | [[classe:record#Código da Instituição]] | X | | ^ ::: ^ Ocorrência |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#catalogNumber|catalogNumber]] |[[:classes&#Número de Catálogo]] | sim | |
| |kingdom | | | [[classe:taxon#Reino]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#otherCatalogNumbers|otherCatalogNumbers]] |[[:classes&#Número de tombo]] | não | |
| |phylum | | | [[classe:taxon#Filo]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#occurrenceID|occurrenceID]] |[[:classes&#Identificador da Ocorrência]] | sim | |
| |class | | | [[classe:taxon#Classe]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#occurrenceRemarks|occurrenceRemarks]] | [[:classes&#Observações gerais]]| sim | |
| |taxorder | | | [[classe:taxon#Ordem]] | | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#recordNumber|recordNumber]] | [[:classes&#Número do Coletor]] | sim | |
| |fieldnumber | | | [[classe:event#Número de Campo]] | | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#recordedBy|recordedBy]] | [[:classes&#Nome(s) do(s) Coletor(es)]] | sim | |
| |basisofrecord | | | [[classe:record#Base do Registro]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#otherCatalogNumbers|otherCatalogNumbers]] | [[:classes&#Outros números de catálogo]] | não | |
| |occurrenceid | | | [[classe:occurrence#Identificador da Ocorrência]] | X | | ^ ::: ^ Evento de coleta |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#eventDate|eventDate]] | [[:classes&#Data da Coleta]] | sim | |
| |dateidentified | | | [[classe:identification#Data da Determinação]] | X | | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#year|year]] | [[:classes&#Ano da Coleta]] | sim | |
| ^ Atributos específicos DNA ^ Descrição ^ Domínio ^ Nome do Termo ^ Oferecido IPT ^ | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#month|month]] | [[:classes&#Mês da Coleta]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#day|day]] | [[:classes&#Dia da Coleta]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#verbatimEventDate|verbatimEventDate]] | [[:classes&#Data da coleta transcrita]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#fieldNotes|fieldNotes]] | [[:classes&#Notas de Campo]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#eventRemarks|eventRemarks]] | [[:classes&#Notas da expedição]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#fieldNumber|fieldNumber]] |[[:classes&#Número da expedição]] | sim | |
| | ^ ::: ^ Local de coleta |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#country|country]] |[[:classes&#País]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#countryCode|countryCode]] |[[:classes&#Código do País]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#stateProvince|stateProvince]] |[[:classes&#Estado]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#municipality|municipality]] |[[:classes&#Município]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#locality|locality]] | [[:classes&#Localidade]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#minimumElevationInMeters|minimumElevationInMeters]] |[[:classes&#Elevação mínima em metros]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#maximumElevationInMeters|maximumElevationInMeters]] |[[:classes&#Elevação máxima em metros]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#verbatimLatitude|verbatimLatitude]] |[[:classes&#Latitude transcrita]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#verbatimLongitude|verbatimLongitude]] |[[:classes&#Longitude transcrita ]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#decimalLatitude|decimalLatitude]] |[[:classes&#Latitude decimal]] | sim((Não oferecido para espécies ameaçadas e de interesse comercial ({{:ameacadas.xls|ver lista}}) )) | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#decimalLongitude|decimalLongitude]] |[[:classes&#Longitude decimal]] | sim((Não oferecido para espécies ameaçadas e de interesse comercial ({{:ameacadas.xls|ver lista}}) ))| |
| | ^ ::: ^ Determinação |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identifiedBy|identifiedBy]] | [[:classes&#Autor da Determinação]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dateIdentified|dateIdentified]] |[[:classes&#Data da determinação]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identificationRemarks|identificationRemarks]] |[[:classes&#Observações da determinação]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identificationQualifier|identificationQualifier]] |[[:classes&#Qualificação da determinação]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#typeStatus|typeStatus]] |[[:classes&#Status do Tipo]] | sim | |
| | ^ ::: ^ Taxon |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#scientificName|scientificName]] |[[:classes&#Nome Científico]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#kingdom|kingdom]] |[[:classes&#Reino]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#family|family]] |[[:classes&#Família]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#genus|genus]] | [[:classes&#Gênero]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#specificEpithet|specificEpithet]] | [[:classes&#Epíteto específico]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#infraspecificEpithet|infraspecificEpithet]] | [[:classes&#Epíteto infraespecífico]] | sim | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#taxonRank|taxonRank]] |[[:classes&#Classificação de taxon]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#scientificNameAuthorship|scientificNameAuthorship]] | [[:classes&#Autor da Espécie]] | sim | |
| | ^ Histórico de determinação Darwin Core ^ Determinação |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identifiedBy|identifiedBy]] | [[:classes&#Autor da Determinação]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#dateIdentified|dateIdentified]] | [[:classes&#Data da determinação]]| não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identificationRemarks|identificationRemarks]] | [[:classes&#Observações da determinação]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#identificationQualifier|identificationQualifier]] | [[:classes&#Qualificação da determinação]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#typeStatus|typeStatus]] |[[:classes&#Status do Tipo]] | não | |
| | ^ ::: ^ Taxon |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#scientificName|scientificName]] | [[:classes&#Nome Científico]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#kingdom|kingdom]] | [[:classes&#Reino]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#family|family]] |[[:classes&#Família]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#genus|genus]] | [[:classes&#Gênero]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#specificEpithet|specificEpithet]] | [[:classes&#Epíteto específico]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#infraspecificEpithet|infraspecificEpithet]] | [[:classes&#Epíteto infraespecífico]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#taxonRank|taxonRank]] | [[:classes&#Classificação de taxon]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#scientificNameAuthorship|scientificNameAuthorship]] | [[:classes&#Autor da Espécie]] | não | |
| | ^ Extensão germoplasma Darwin Core Archive ^ Adesão germoplasma | [[http://terms.gbif.org/wiki/germplasm:germplasmID|germplasmID]] | [[:classes&#Identificador da coleção]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://terms.gbif.org/wiki/germplasm:storageCondition|storageCondition]] |[[:classes&#Método de preservação]] | não | |
| | ^ ::: ^ Duplicata de segurança |[[http://terms.gbif.org/wiki/germplasm:safetyDuplicationID|safetyDuplicationID]] |[[:classes&#Acrônimo da coleção de destino]] | não | |
| | ^ ::: ^ ::: |[[http://terms.gbif.org/wiki/germplasm:safetyDuplicationDate|safetyDuplicationDate]] | [[:classes&#Data de duplicação]] | não | |
